農村生活污水處理本是一件功德，但在許多當地變成了煩心事，究其原因是經濟賬不好算：一方面，建造投入和后續的辦理保護投入需求很多資金，政府簡直承擔了從規劃規劃、建造運營到辦理保護的絕大部分職責和擔負，且處理率越高，財務壓力也越大；另一方面，實踐處理效果并不抱負，低效運營甚至失效現象普遍存在，形成嚴峻的資源糟蹋。

在許多本錢中，最令當地政府頭疼的是長時間的辦理運營本錢。這是由于，當時農村生活污水處理投入機制中存在明顯的重建造、輕辦理傾向：建形本錢能夠經過項目申報等方法，逐級爭取財務撥款投入，能夠實現國家投入一點、省市配套一點、當地政府分擔一點的方法進行。

可是，辦理運營本錢絕大多數需求底層政府自行解決。這對經濟發展水平較低的鄉村區域而言，假如缺少合理的本錢分攤機制，財務包袱比較重。雖然政府簡直包辦了一切的職責，可是作為直接獲益方的鄉民卻并不承情。大多數農人搞不清楚鄉村污水處理設備的運行狀況，也不關心它是不是發揮了效果，更不理解處理本錢的凹凸，只知道“政府工程政府會管”。

鄉民和村集體不合作所引發的另一個問題，是長效辦理運營的本錢大幅上升。許多區域以政府購買效勞的方法，將農村污水處理設備的辦理運營外包給相關企業負責。隨之而來的問題是，誰來對相關企業進行監督？我國水務市場尚處于起步階段，政府與相關企業之間自身存在千絲萬縷的聯絡。依托政府監督，無論是突擊檢查仍是不守時檢查，都很難真實發揮效果。并且，面臨遍及鄉村的各個工程點，政府有用監管的本錢十分高。